馬其頓大學的研究範疇非常廣泛，涵蓋社會科學、經濟、商業、環境科學等領域。
該校的研究團隊與國際間的多個學術機構合作，進行實證研究及學術發表。
大學鼓勵所有學術人員和學生參與各類科研項目，提供經費和資源支援，以促進學術界的進步。